El sistema de escritura de los mayas es denominado „jeroglífico”, debido al carácter icónico de sus aproximadamente 650 signos. Desde el punto de vista tipológico, se trata de un sistema de escritura logosilábico que está compuesto por dos clases de signos: sílabas y logogramas.
Logogramas representan palabras y, con pocas excepciones, casi siempre corresponden a un significado determinado. La influencia de lenguas vernáculas favoreció la polivalencia de los signos en la época clásica tardía (Lacadena y Wichmann 2002). La segunda clase de signos consta de signos vocálicos y silábicos que representan vocales abiertas. Eran usados para la escritura silábica de morfemas léxicos y gramáticos. Además servían como complementos fonéticos que se sufijaban a los logogramas.
Esta particularidad permitía escribir una palabra con un logograma o con signos silábicos solos. No obstante, por lo general, los signos silábicos y los logogramas se combinaban. La complejidad caligráfica de los textos se obtuvo a través de notaciones alográficas y representaciones alomórficas de los signos. Los escribas mayas utilizaban esta estrategia para redactar textos estéticamente valiosos sin tener que repetir signos. Para sílabas frequentes existían por lo menos dos signos. Este hecho explica el alto porcentaje de signos silábicos (aproximadamente 200 signos) en la escritura maya.
Los signos fueron combinados de tal manera que formaban bloques cuadrangulares que, probablemente, correspondían con la noción émica de una palabra. Por norma general, los textos mayas se leen en doble columna, de izquierda a derecha y de arriba abajo, aunque existen excepciones. Al acoplar frases se creaban textos complejos con estructuras sintácticas y textuales parecidas a aquellas de las lenguas mayas modernas.
De las once propuestas para la inventarización y sistematización de los signos de la escritura maya, solo las convenciones de transcripción y las nomenclaturas de signos de Günter Zimmermann para los códices y de Eric Thompson para todos los otros géneros textuales son ampliamente aceptados por investigadores. Thompson creó un inventario de 862 signos que sigue siendo el sistema de referencia estándar, a pesar de clasificaciones erróneas, registros duplicados y el inventario incompleto de textos.
Los estudios de Nikolai Grube sobre el inventario de Thompson demuestran que 200 de los 862 grafemas documentados son signos alográficos, de forma que el número total de glifos se reduce a 650 signos. Hace diez años, Martha Macri presentó las mismas cifras en su propuesta de un sistema de clasificación alternativo que, debido a sus clasificaciones e interpretaciones erróneas, no alcanzó la aceptación entre investigadores.